井冈山农业科技园始建于2001年，2002年5月经省政府确认，省科技厅批准为省级农业科技园。2003年国家科技部将井冈山农业科技园纳入国家级农业科技园管理。
井冈山农业科技园总体规划分核心区、示范区、辐射区三个圈层建设。井冈山农业科技园核心区地处吉安市吉州区兴桥镇，总面积670公顷。围绕草食畜禽、无公害蔬菜、花卉苗木三大主导产业，以种业发展为核心，以科技创新为动力，以民有民营为主体，以绿色生态为保障，重点建设畜禽良种繁育、绿色食品技术示范、种子种草繁育、设施农业、农产品加工、管理服务六大功能分区。示范区规划建设6700公顷，辐射区规划建设67000公顷。核心区与示范区、辐射区的关系主要有四种：一是技术传播关系，二是良种供应关系，三是产业接替关系，四是农产品加工与原料供应关系。
三年来，投入资金4800万，初步建立了畜禽良种繁育、绿色食品技术示范、种子种草繁育、设施农业四大功能区。建有江南最大的波尔山羊原种场、红毛鸭原种基地、万头种猪场、奶牛场、泰和乌鸡良种场、名贵花卉设施栽培基地、优质蔬菜种子种苗繁育基地、珍稀苗木良种繁育基地等，建设规模达2500亩。
井冈山农业科技园与中国科学院、中国农业大学等10多家科研院所和高等院校建立了技术合作和依托关系。井冈山农业科技园的运行机制主要有股份合作、民有民营、租赁经营、国有国营。井冈山农业科技园的功能定位是，注重农业科技成果的转化和应用，注重现代农业科技的传播，注重绿色农业与生态农业的协调发展，注重生态效益、经济效益和社会效益的有机结合。